Người chơi sẽ vào vai Alleron, nhân vật chính từ Warriors of Might and Magic. Trong Shifters thì Alleron sẽ phải chống lại thế lực tà ma ngoại đạo từ các quái thú bằng xương bằng thịt cho đến những lũ người máy bằng kim loại dưới sự dẫn dắt của tên pháp sư hắc ám đang biến đổi những ngôi làng Trung cổ yên bình thành các thành phố hơi nước tăm tối. Không giống như phiên bản tiền nhiệm, Alleron trong bản này đã có được quyền năng siêu nhiên có thể thay hình đổi dạng tới 24 loài sinh vật khác nhau, chẳng hạn như con cừu đực hình người và quái vật sư tử đầu chim.[2]

Alleron sẽ chu du qua sáu thế giới khác nhau mà tại mỗi nơi anh phải chiến đấu với các thành viên thuộc một chủng tộc riêng biệt. Thông thường, những khu vực này đều kết thúc trong trận đánh trùm dù không thường xuyên. Trong suốt chặng đường phiêu lưu sẽ có nhiều khu vực "bí mật" chỉ có thể tới được thông qua các hình dạng biến đổi riêng biệt, chẳng hạn như khu vực bị phong tỏa bởi chấn song hay lò sưởi (mà chỉ có thể qua được dưới dạng Genie sau khi đã dùng phép thể khí Gaseous Form) Dù có chọn nhiều loại biến hình đi chăng nữa thì người chơi cần phải hoàn tất phần game chính.[2]